უწმიდესსა და უნეტარეს ეფრემ II-ს მართლაც ურთულეს ეპოქაში მოუხდა მოღვაწეობა. XX საუკუნის 60-იან წლებში საბჭოთა საქართველოში მიმდინარეობდა კომუნიზმის ფართო მშენებლობა. საპატრიარქო უმძიმეს დღეში იყო. საპატრიარქოს არ ჰქონდა რეზიდენცია, სასულიერო სასწავლებელი, საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიას არ აღიარებდა მსოფლიოს მართლმადიდებლურ ეკლესიათა დიდი ნაწილი. მკაცრად კონტროლდებოდა თითოეული სასულიერო პირი, მათ შორის – კათოლიკოს-პატრიარქი ეფრემ II.

ეფრემ II გრძნობდა, რომ რაღაც ზომები უნდა მიეღო და გადაეჭრა ყველა ეს პრობლემა. უწმიდესი ძალიან დარდობდა იმაზე, რომ საქართველოს მართლმადიდებელ ეკლესიას ღვთისმსახურთა მოსამზადებლად სასწავლებელი არ ჰქონდა. საჭირო იყო ამ მხრივ შეცვლილიყო რამე. მართლაც, 1962 წლის 30 ივლისს კათოლიკოს-პატრიარქ ეფრემ II-ის დიდი ძალისხმევის შედეგად მთავრობამ გასცა განკარგულება მცხეთის სამოძღვრო კურსების დაარსების შესახებ. მის დირექტორად პატრიარქმა დანიშნა შემოქმედელი ეპისკოპოსი ილია (შიოლაშვილი). ეფრემ მეორეეს იყო ეფრემ II-ისუმნიშვნელოვანესი დამსახურება მის სხვა მრავალ დამსახურებას შორის. მცხეთის სამოძღვრო კურსები ცოტა ხანში მცხეთის სასულიერო სემინარიად გადაკეთდა. მისი პირველი გამოშვება მხოლოდ ოთხ კაცს ითვლიდა, თუმცა იმ დროისთვის ეს უდიდესი შენაძენი იყო ქართული ეკლესიისთვის. სწორედ ეფრემ II-ის დამსახურება გახლდათ, რომ ქართული ეკლესია ფეხზე წამოდგა მაშინ და გადარჩა.ასევე, კათოლიკოს-პატრიარქ ეფრემ II-ის დიდი დამსახურება არის საეკლესიო კალენდრების გამოშვება. საეკლესიო კალენდრების შედგენა-გამოცემაში პირადად თვითონ მუშაობდა. პატრიარქ ეფრემის მიერ გამოცემულ კალენდარში მოხსენიებული იყო იმ კათოლიკოს-პატრიარქთაგარდაცვალების დღეები, რომლებიც ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ ედგნენ სათავეში ქართულ სამოციქულო ეკლესიას.

1963 წ. ეფრემ II-ის ინიციატივით დაიბეჭდა გიორგი მთაწმინდელისეული “ახალი აღთქმა”. პატრიარქმა დახურვას გადაარჩინა მთაწმინდის მამადავითის ტაძარი, იბრძოდა სასულიერო მოღვაწეთათვის საშემოსავლო გადასახადების დაწესების წინააღმდეგ.

პატრიარქი კარგად გრძნობდა საქართველოს ეკლესიის საერთაშორისო კავშირების აუცილებლობას. თავისი მოღვაწეობის პერიოდში არაერთხელ იმოგზაურა მოსკოვში. თბილისს რამდენჯერმე ესტუმრა რუსეთის პატრიარქი ალექსი I.

ეფრემ II უაღრესად თავმდაბალი პიროვნება იყო. ბავშვებთან ურთიერთობის საოცარ ხელოვნებას ფლობდა და სიყვარულის განსაცვიფრებელი უნარი ჰქონდა. ამდენი გაჭირვების მიუხედავად, ცხოვრება არასდროს მობეზრებია და ბოლომდე შეინარჩუნა კეთილგანწყობა ყველა ადამიანის მიმართ.

ფიზიკურ სიკვდილს დანატრებულ პატრიარქს ჯერ კიდევ ქუთათელ-გაენათელ ჭყონდიდელი მიტროპოლიტის დროს შეუდგენია თავისი საფლავის ქვის ეპიტაფია: “მეყვსეულად განვეშორე მიწიერსა ღვთივმშვენიერსა საკურთხეველსა და მიწა მიწას შთავაბნიე საწყალობელი; სული ჩემი იხმო ზეციერმან მსაჯულმან პასუხის-გებად, ამისთვისცა გევედრებით, ლოცვა ჰყოთ ჩემთვის, რათა გამომაჩინოსმცა მსახურად ზეციურსა საკურთხეველსა. ხელდასმულ ვიქმენ მღვდელმთავრად 19.27.III.27. დავიბადე 1896 წ. გარდავიცვალე… მიტროპოლიტი ეფრემ, სიდამონიძე”.
უწმიდესი და უნეტარესი ეფრემ II დაჯილდოვებული იყო ალექსანდრიის, ანტიოქიის, ბულგარეთის, ჩეხოსლოვაკიის, რუსეთისა და საქართველოს მრავალი სასულიერო ორდენითა და მედლით.

უწმიდესმა და უნეტარესმა, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქმა ეფრემ მეორე სიდამონიძემ 76 წელი იცოცხლა და გარდაიცვალა 1972 წლის 7 აპრილს, ვნების შვიდეულის მიწურულს, წითელ პარასკევს, რაც იმ წელს ხარების ბრწყინვალე დღესასწაულს დაემთხვა. ამიტომ მისმა გარდაცვალებამაც სიმბოლური დატვირთვა შეიძინა.

უწმიდესი და უნეტარესი ეფრემ II, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი სიონის საკათედრო ტაძარში დაკრძალეს.