ეპისკოპოს მელქისედეკს ეპარქიაში საქმიანობა რთულ პირობებში უხდებოდა. ანტირელიგიური პროპაგანდა, სასულიერო პირების მიმართ ძალადობა, ეკლესია-მონასტრების ძარცვა-რბევა ჩვეულებრივი მოვლენა იყო. ამ დროს ალავერდის ეპარქიაში შედიოდა თიანეთის ოლქიც. ეპისკოპოსი მხარს უჭერდა უწმიდესსა და უნეტარეს ამბროსის და უპირისპირდებოდა “განახლებისა და რეფორმების” ჯგუფის წევრებს. 1927 წლის 17 ოქტომბერიდან იგი ცხუმ-აფხაზეთის ეპარქიის მმართველია. 1928 წლის 24 მარტიდან იწოდება წილკნელად, მაგრამ ვინაიდან ეპარქიაში თითქმის აღარ იყო დარჩენილი მოქმედი ეკლესია, გადაიყვანეს თბილისის ფერიცვალების მამათა მონასტრის წინამძღვრად.

1935 წლის 2 იანვარს უწმიდესი და უნეტარესი კალისტრატეს ლოცვა-კურთხევით მიენიჭა მიტროპოლიტობა და კვლავ გაიგზავნა ცხუმ-აფხაზეთის ეპარქიაში, სადაც ყოველთვის რთული ვითარება იყო. ცხუმ-აფხაზეთის ეპარქიაში სამი დიდი სოფელი და ახალი სასაფლაოს ეკლესია სოხუმში უმღვდელოდ გახლდათ დარჩენილი. შესაფერისი კანდიდატების არყოლის გამო კი ახალი მღვდლის კურთხევა შეუძლებელი იყო. ამას დაემატა 1937 წლის 9 ოქტომბერს დეკანოზების სვიმონ გიგინეიშვილისა და ელიზბარ ანჩიბაძის დაპატიმრება. ამასთან, ადგილობრივი ხელისუფლება მოითხოვდა ქართული, რუსული, ბერძნული, კათოლიკური, პროტესტანტული, ებრაული რელიგიური საზოგადოებების გაერთიანებას ერთ ეკლესიაში., რის შესახებაც მეუფე მელქისედეკი ხელისუფლების წარმომადგენლებს წერდა: “გაერთიანება შეიძლება მხოლოდ ქართული, რუსული და ბერძნული ეკლესიების, კათოლიკური, პროტესტანტული და ებრაული მასში ვერ გაერთიანდება. მაშასადამე, ლაპარაკია ქართულ-რუსულ-ბერძნული ეკლესიების გაერთიანებაზე. აქაც საქმე თავისთავად შესრულებულია. ბერძენთა ეკლესიის მღვდელი ორი თვეა, რაც დაპატიმრებულია, ბერძნები თავის რელიგიური მოთხოვნილების დასაკმაყოფილებლად მომართავენ ქართულ ეკლესიას, სადაც ღვთისმსახურება სრულდება ქართულ, რუსულ და ბერძნულ ენებზე. ამნაირად საკითხი რჩება ქართული და რუსული ეკლესიებისა, თუ რომელი უნდა გაუქმდეს. ძნელი არ უნდა იყოს ამ საკითხის გადაწყვეტა იმ საზოგადოებრივ მოღვაწეებისათვის, რომელმაც იცის სოხუმში ქართული გაზეთის “საბჭოთა აფხაზეთის” არსებობა, რომელიც დაკვირვებია ამ გაზეთის პირველ ნომერს, რომლის პირველ გვერდზე არის სტალინის დიდი სურათი.”

 

1938 წელს მიტროპოლიტი მელქისედეკი იძულებული გახდა სოხუმიდან თბილისში დაბრუნებულიყო. 1943 წლის 1 აპრილს დაინიშნა კუკიის ეკლესიაში რიგით სასულიერო პირად, 1944 წლის 30 აპრილიდან ითვლებოდა ურბნელად და თბილისის დიდუბის ღვთისმშობლის ეკლესიის წინამძღვარი გახლდათ. თბილისში ყოფნის დროს მის წინააღმდეგ საერო ხელისუფლებაში სისტემატურად იგზავნებოდა ხელმოუწერელი საჩივრები, ბრალდებებს უყენებდნენ. შესაძლოა ამის მიზეზი იყო უწმიდესი და უნეტარესი კალისტრატეს გადაწყვეტილება კათოლიკოს-პატრიარქის მოსაყდრედ მიტროპოლიტ მელქისედეკის გამორჩევის შესახებ. მიტროპოლიტი მელქისედეკი მრავალმხრივი განათლების სასულიერო პირი გახლდათ. მან ბერძნულიდან თარგმნა ჰეროდოტეს “ისტორია,” არიანეს “ევქსინის ზღვის გარშემო მოგზაურობა.” ამავე დროს, ფიცხი და მკაცრი ბუნების კაცი იყო. 1952 წლის 5 აპრილს სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქად აირჩიეს. გარდაიცვალა 1960 წლის 10 იანვარს, 17 იანვარს სიონის საპატრიარქო ტაძარში დაკრძალეს.